Kajian ini menganalisis ilmu pengetahuan dalam kerangka ilmiah tradisi Islam dengan tujuan untuk memahami sifat, sebab dan sumbernya, serta berusaha untuk mengetahui hubungan yang wujud dalam masyarakat semasa. Transmisi ilmu pengetahuan kepada intelek telah diketahui mengambil banyak bentuk termasuk rasional dan non-rasional, yang mana masing-masing mempunyai kerangka pemahaman tersendiri. Para ilmuan Muslim terdahulu telah menerangkan proses ini secara terperinci, dan ia merangkumi rangka kerja mengenai ilmu non-rasional yang terhasil daripada sifat jiwa yang menerbitkan wahyu, intuisi, iluminasi, hikmah dan mimpi. Ini digabungkan dengan proses rasional yang diperolehi melalui fakulti kognitif termasuk persepsi deria, sebab dan tafakkur, yang merupakan sebahagian daripada ilmu ‗syariah‘ atau pengetahuan asas di dalam Islam. Kajian ini menunjukkan bahawa gabungan rasional yang berkaitan dengan otak dengan non-rasional menandakan hati sebagai suatu yang penting kepada seluruh perkembangan manusia. Kategori yang pertama menentukan kegiatan fizikal dan mental, sementara kategori yang kedua pula menggabungkan kerja kontemplatif atau meditasi, yang jelas bermanfaat seperti yang ditunjukkan oleh data neuro-sains dan kesihatan mental yang baru muncul. Tumpuan perhatian yang utama terhadap ilmu rasional seperti yang diilustrasikan dalam gaya hidup Barat dan sistem berasaskan sains, yang kemudiannya menujah masuk ke Timur telah memperlihatkan pengabaian terhadap ilmu non-rasional termasuklah kontemplatif atau amalan yang berkaitan dengan ibadah. Ini telah mengakibatkan peningkatan dalam pelbagai psiko-patologi termasuk stres, kegelisahan, kemurungan, bunuh diri dan pendedahan awal terhadap penyakit sosial-psikologi yang lain. Dalam konteks kontemporari ini, hubungan silang antara hati-otak yang tidak rasional dan rasional, yang menjadi ciri khas Islam diperlukan untuk mengimbangi gaya hidup manusia, secara eksplisit telah hilang dalam wacana utama kerohanian. Ini perlu diperkenalkan semula menerusi sistem pembelajaran formal dan informal. Ilmu atau pengetahuan adalah konsep holistik dalam Islam dan tidak semestinya memisahkan yang suci dan yang profane, seperti dalam tradisi sekular. Pengetahuan baik sebagai konsep dan instrumen amalan tertanam kukuh dalam kitab suci Ilahi dan tradisi kenabian. Hakikatnya, ilmu yang rasional dan tidak rasional adalah menjadi asas kukuh Islam, dan dilihat sebagai pencetus untuk mengubah individu Muslim dan masyarakat yang melahirkan tamadun Islam, yang kini diterima sebagai penyumbang besar kepada ilmu dan pemahaman manusia sejagat.