Susun atur 3-dimensi (3D) yang sama boleh disalah cerap sebagai berbeza dari sudut penglihatan yang berlainan. Bagi makromolekul biologi, permasalahan ini juga dihadapi oleh algoritma pencarian susun atur 3D. Keputusan hasil larian yang sama akan diperoleh berulang kali (data lewah) kerana hasil tersebut boleh mempunyai susun atur jujukan berbeza. Permasalahan ini tidak ditemui di dalam pencarian jujukan. Dalam kajian ini, dua kaedah untuk menyaring data lewah tersebut telah dibangunkan dan dibandingkan iaitu kod Prüfer (berasaskan teori graf) dan kaedah saringan data lewah (dibangunkan secara khusus untuk kajian). Model hasil carian pula adalah menggunakan COnnection tables Graphs for Nucleic ACids (COGNAC) bagi pencarian interaksi kelompok bes berikatan hidrogen. Perbandingan yang dilakukan menunjukkan bahawa kaedah saringan data lewah mampu untuk mengenal pasti dan menyaring antara 50.5% sehingga 80% data lewah daripada hasil larian asal COGNAC berbanding kod Prüfer yang hanya mengenal pasti dan menyaring 50% data lewah daripada hasil larian asal COGNAC. Oleh itu, kaedah saringan data lewah telah diimplementasi ke dalam COGNAC. Selain itu, kaedah saringan data lewah ini juga boleh diguna pakai untuk algoritma yang tidak bergantung kepada jujukan bagi pencarian motif 3D dalam struktur protein.