Makalah ini pada dasarnya cuba mengenalpasti masalah dan cabaran pengajian Falsafah amnya dan Falsafah Islam khasnya di institusi pengajian tinggi di Malaysia. Dua sample silibus telah dibandingkan dalam kajian ini iaitu sampel penga jian Falsafah dan Falsafah Islam di Jabatan Akidah dan Pemikiran Islam, Akademi Pengajian Islam, Universiti Malaya dan di Jabatan Usuluddin dan Falsafah, Fakulti Pengajian Islam, Universiti Kebangsaan Malaysia. Peruntukan kandungan kursus dan tempoh jam kredit dalam kedua-dua silibus dianalisis. Makalah ini didahului dengan suatu sorotan am tentang perkembangan pengajian Falsafah dan Falsafah Islam di Malaysia dan diakhir dengan perbincangan tentang masalah dan cabaran pengajiannya yang menyentuh isu berkaitan tenaga pakar dalam bidang berkaitan, prasarana yang tersedia dan juga minat dan penerimaan pelajar.