Gunung Stong terletak di dalam unit batuan yang dikenali sebagai Kompleks Stong. Kompleks Stong ini terdiri daripada tiga unit suit batuan dikenali sebagai Suit Berangkat, Suit Kenerong dan Suit Noring. Suit Berangkat boleh dibahagikan kepada tiga unit litodemik, iaitu litodemik Granit Sungai Lah, Granodiorit Bertam dan Tonalit Dabong, manakala Suit Kenerong mengandungi litodemik Leukogranit Stong dan Migmatit Sg Kenerong. Bagi Suit Noring pula, ia dibahagikan kepada Granit Sungai Long, Granit Sungai Suda dan Mikrogranit Sungai Terang. Selain itu, batuan keliling juga tersingkap terdiri daripada batuan metasedimen dan sisa kubah hasil terobosan pluton. Penamaan di lapangan dan kajian secara petrografi menunjukkan terdapat 10 jenis batuan igneus iaitu terdiri daripada monzonit hingga monzonit kuarza, granit hornblend dan granit biotit bertekstur porfiri dan granit biotit tekstur sama saiz butiran hingga mikrogranit, granodiorit dan tonalit. Seterusnya, terdapat juga selang lapis batuan metasedimen yang termetamorf membentuk syis biotit muskovit, syis hornblend dan syis garnet. Kepelbagaian jenis batuan ini adalah unik dan boleh dijadikan satu sumber geowarisan untuk mengiktiraf Kompleks Stong kepada Geotaman di Kelantan.