Hubungan antara Malaysia dengan Indonesia telah menunjukkan konflik sejak sebelum berlakunya konfrontasi. Walau bagaimanapun, selepas cadangan Pembentukan Malaysia pertama kali diumumkan oleh Tunku Abdul Rahman, Perdana Menteri Malaysia, hubungan antara Malaysia dengan Indonesia mengalami tempoh konflik yang signifikan. Kajian ini membincangkan tentang tempoh masa konfrontasi Indonesia-Malaysia dan impaknya terhadap Pelabuhan Pulau Pinang yang dikaji dari tahun 1963 hingga 1966. Kajian ini dijalankan menggunakan kaedah kualitatif yang menekankan analisis dokumen dan manuskrip. Sumber rujukan yang digunakan ialah sumber primer yang terdiri daripada rekod British dan rekod rasmi Malaysia, manakala sumber sekunder yang digunakan termasuklah jurnal, artikel, buku ilmiah, akhbar, dan majalah. Hubungan ekonomi antara Malaysia dan Indonesia terjejas secara serius semasa era konfrontasi. Bilangan import dan eksport yang melibatkan Indonesia dan Pelabuhan Pulau Pinang mengalami penurunan drastik tetapi tidak berhenti sepenuhnya semasa konfrontasi. Namun begitu, jika dibandingkan dengan nilai pertumbuhan keseluruhan perdagangan di Pelabuhan Pulau Pinang semasa konfrontasi, penurunan jumlah perdagangan antara Indonesia dengan Pelabuhan Pulau Pinang tidak begitu signifikan, dan penurunan ini bukanlah disebabkan oleh konfrontasi semata-mata tetapi disebabkan oleh penurunan mendadak dalam eksport bijih besi. Kesimpulannya, penurunan sederhana dalam jumlah perdagangan keseluruhan di Pelabuhan Pulau Pinang semasa konfrontasi bukan sepenuhnya disebabkan oleh konfrontasi Indonesia-Malaysia sahaja, dan kesan terhadap perdagangan secara keseluruhan tidak begitu signifikan.