Pelaksanaan toleransi agama khususnya dalam hubungan Muslim-Kristian sememangnya telah terlaksana di Malaysia melalui pelbagai cara dan pihak sama ada secara langsung dan tidak langsung. Namun jika diteliti kebanyakan isu besar dalam hubungan Muslim-Kristian masih berstatus belum diselesaikan (pending) antaranya disebabkan oleh kekurangan sumber untuk membuat keputusan. Selaras dengan situasi di atas, kajian ini bertujuan menjelaskan fenomena toleransi agama dari sudut kumpulan utama yang bertanggungjawab ke atas agama iaitu wakil pemimpin agama Islam (para mufti) dan wakil pemimpin agama Kristian (para paderi). Pelaksanaan temu bual mendalam (in-depth interview) telah dilakukan kepada lima orang wakil pemimpin Muslim dan lima orang wakil pemimpin Kristian. Hasil temu bual telah dianalisis secara tematik menggunakan perisian Atlas Ti. Hasilnya kajian mendapati bahawa fenomena toleransi agama dalam hubungan Muslim dan Kristian tidak menafikan dua perkara utama iaitu (i) pengiktirafan kepelbagaian agama; (ii) kesediaan untuk hidup berharmoni. Dua elemen utama ini seterusnya membuktikan bahawa toleransi agama dalam hubungan Muslim-Kristian tidak membawa kepada penerimaan pluralisme agama dan tidak melanggar batasan akidah sesuatu agama.